民國一○四年
民國一○四年為配合福建省連江縣政府組織修編，更名為連江縣港務處，並將各港務站名稱更名為港務室，原航港課及總務課同時更名為港埠課及行政課，並自一○六年一月一日起生效。
民國九十年
民國九十年一月一日配合中央政府試辦兩岸小三通通航業務之執行。
民國八十九年
民國八十九年一月一日正式設置福建省連江縣港務處專責管理機構，隸屬福建省連江縣政府，職司馬祖福澳國內商港五座碼頭港務、棧埠管理業務及協助辦理航政等有關事項。
民國八十八年
福建省連江縣政府受託管理馬祖福澳國內商港，乃於民國八十七年三月二十五日暫時訂頒「福建省連江縣港務處臨時編組設置要點」作為執行航港、棧埠管理等業務之依據，依始五座碼頭兼具軍、商、漁港混合使用功能，及至民國八十八年七月一日由連江縣政府正式接管所有港務管理工作。
民國八十七年
福建省政府將馬祖福澳港（包括南竿福澳、北竿白沙、西莒青帆、東莒猛澳及東引中柱等五座碼頭 ）指定為國內商港，並奉 行政院民國八十六年十一月二十六日台八十六交字第四六0五二號函同意，復由福建省政府於民國八十六年十二月二十三日以(86)閩二交字第八六一五八九號公告，自民國八十七年一月一日施行。